十八届三中全会提出，要破除城乡二元结构，健全城乡发展一体化体制机制，并提出了一系列改革措施。其中，对备受关注的农地制度改革，会议提出必须在坚持和完善最严格的耕地保护制度前提下开展。近年来，随着工业化、城镇化快速发展，我国耕地面临数量持续减少、质量呈下降趋势、生态环境日益恶化、后备资源有限的严峻形势，如何在新一轮城镇化中有效保护好耕地，是当前开展土地制度改革、推进城乡一体化必须面对的重大课题。
粗放城市发展模式 造成耕地数量过度下降
城乡二元分离的城市化模式导致农民工“两栖”占地现象长期存在并不断加剧。城乡二元结构长期存在使进入城市的广大农民工被城市边缘化，面临住房、就业、子女教育、医疗等的制度性障碍。如果农民工选择改变户籍永久迁移，必然失去农村土地使用权，以及土地所提供的稳定保障。他们不愿放弃农村的耕地和宅基地，就形成大量农民“既进不了城，也离不了村”的“两栖”占地现象。导致城市化不仅没有缓解耕地减少的压力，反而加剧了建设用地和耕地保护之间的矛盾。
城市发展片面强调产出效益总数，导致经济增长对土地要素过度依赖。据国土资源部统计，1990~2004年，全国城镇建设用地面积由1.3万平方公里扩大到3.4万平方公里；同期，41个特大城市主城区用地规模平均增长超过50%；城市用地规模增长弹性系数高达2.28，而国际上公认合理系数为1.12，土地资源丰富的美国也仅为1.6。由于只片面强调产出效益总数，土地就被作为生产要素的重要构成部分，以实现城市规模扩张，促进产出效益的提高。
地方政府直接参与和垄断土地一级市场，土地成为城市发展的“发动机”。突出表现在依靠土地的宽供应和高耗费来保障高投资，政府通过廉价土地招商引资推进工业化，依靠土地抵押和融资推进城市化，按农业产值的原用途补偿和经营性用途的招拍挂出让，获取巨大预算外收入，地方政府预算外财政对土地出让收入的依赖越来越大。
耕地难以有效保护利用的制度根源
对不同市场主体的财产给予平等保护是市场经济的一条基本原则。虽然，《物权法》宣示了国有土地和农村集体土地的平等保护，但除此之外，有关法律法规对集体土地所有权的过度支配、干预和限制并没有去除，对耕地集体所有权仍存在过度支配、限制，造成农地所有权内容模糊、残缺，使农地集体所有制实质上成为一个空洞的概念。
耕地产权主体多元化，导致“乡、村、组”三级主体耕地保护的权责不清晰。我国《宪法》、《物权法》、《土地管理法》等虽然都对农土产权主体做了规定，但并不统一，存在产权主体“多元化”现象。农地属于农民“集体所有”包括三个层次，即小组农民集体、村农民集体和乡（镇）农民集体。农民集体为何种民事主体，农民集体所有权依据何种民事规则得以确立、以何种规则行使此所有权，令人颇为困惑；到底谁是集体，立法也未明确。这实际导致产权主体缺位，而主体缺位又给非法转让或侵占农民集体所有土地的行为提供了制度空间。
土地承包经营权内容不完整，弱化了耕地保护能力，限制了耕地自由流转。一是土地承包经营权内容模糊，导致耕地流转中权利义务难以准确界定。一方面，对农民获得土地承包经营权的原权利规定缺失，仅仅指出农民依据集体成员身份取得，但这一身份的具体权利内容，法律并未明确。实践中造成土地承包经营权等同农民对集体土地所享有的权利，农民放弃承包权等同于放弃集体土地所有权相关利益；另一方面，对农民处分承包经营权（流转后）属于何种权利，实践中存在债权和物权的争议，这是土地流转过程中纠纷多发的重要因素。此外，耕地承包经营权流转抵押范围受限，阻碍了耕地资源和农民流动，弱化了耕地的财产属性。
村民自治组织与集体经济组织的职能交叉重叠，阻碍耕地资源市场化配置。村委会和村集体经济组织是农村最基本的社会组织，前者是农村群众的自治组织，后者是具有独立进行经济活动自主权的经济组织，两者不存在隶属关系。但《村委会组织法》规定：“村民委员会依照法律规定，管理本村属于村农民集体所有的土地和其他财产，引导村民合理利用自然资源，保护和改善生态环境。”据此，村委会在集体资产管理中可取代村集体经济组织。
实践中，虽然大多数地方成立了村集体经济组织，但功能虚化、弱化，被村委会替代的情况十分普遍。此外，由于立法缺失，实践中多数农村以是否具有集体经济成员身份，甚至是否承包经营耕地来确定村民社会权利。加之农村社会保障水平仍较低，耕地承载的社保功能尚未完全消退，造成农民对土地流转顾虑重重，即使无耕种意愿和需要也不愿流转，以防社会权利受损，成为耕地流转和规模经营的阻碍。
耕地保护的权利和义务失衡
中央政府“有管制、无激励”，难以有效激发耕地保护主体的积极性。中央政府既要保护耕地又要发展地方经济，目标之间存在冲突，导致全国层面的耕地保护缺乏有效的统一规划，加之耕地保护框架未纳入外部性，对保护主体的激励和约束不相容，中央政府对地方政府、农民等的耕地保护行为缺乏有效监督，致使中央有些政策措施不仅没有纠正耕地保护中的市场失灵，反而更加扭曲了市场。
地方政府“有责任、无动力”，GDP导向下耕地“农转非”是必然结果。地方政府耕地保护绩效未直接与所享权利及政绩考核挂钩：在数量保护上，地方政府对基本农田的划定与保护情况没有与农用地转用指标量对等；在质量保护上，中低产田改良及土地整理、复垦、开发数量完成与否，不影响其享有新增建设用地收益；超额完成耕地保护任务的也无法享受到额外补偿、奖励或政治加分。因此，耕地保护的高成本、低收益和激励约束机制的不完善，导致地方政府更多注重通过发展经济，增加职务升迁等；凭借供地“垄断权”违法用地，在耕地保护方面出现“逆向行为”。
农民及农村经济组织“无责任、无动力”，产生个体与集体理性冲突。农民及农村集体组织在法律层面上并不是耕地保护的主体。农民在征地中没有参与权和监督权，不能作为独立市场主体讨价还价，也很难对政府与村集体的违法用地进行监督。他们最关心经济收益，只要补偿足够，就不会考虑耕地保护。法律对农村集体组织耕地保护的责任仅限“义务”与“鼓励”，无法激发其保护耕地的积极性。农村集体组织受农地非农化巨大利益诱惑，也产生很多违法用地行为。
耕地利用效率低水平徘徊
一家一户分散经营抑制了先进农业生产力应用和农业适度规模经营。当前，我国农业生产仍是停留在一家一户的、分散的小规模经营占主导地位的经营模式，现代农业生产技术，特别是农业高新技术难以充分推广应用。
我国农业经营仍主要依赖几千年来世代传承的耕作方式，难以适应农业现代化要求农业主体不断专业化、职业化、组织化、社会化的要求。随着农民对土地的农业经营利益依赖不断降低，“农民老龄化”、“耕种副业化”、“有地不愿耕”等问题日益突出，以出身确定的“世代农耕”制度正在逐渐动摇，但有利于农业经营主体向专业化、职业化方向发展的制度机制还没有真正建立起来。
“统分结合”的农业经营体制中“统”的制度红利尚未有效释放。以家庭联产承包为主的责任制和统分结合的双层经营体制，总体上适应我国农业特点和生产力发展水平。但长期以来主要发挥了“分”制度作用，在“统”的层面上进展不大，农业经营未能随生产力发展走向适度规模化。因此，如何把农村基本经营制度中“统”的制度红利释放出来，是破解我国农业现代化难题的关键。
解决城乡二元结构 “两栖占地”问题
让农民真正“离村进城”，是破解城镇化中“两栖占地”和过度占地的核心。城镇化中，只有让农民真正进入、融入城市，完全退出农村，解决“两栖占地”问题，将留下的居民点用地通过复垦增加耕地面积，才能缓解城镇化对耕地保护施加的巨大压力，保障粮食安全。因此，农民“离村进城”应包含两层含义，一是农民工真正融入城市，享受与城市居民同等的公共服务和福利待遇，二是农民工真正退出农村，放弃其在农村的土地承包经营权和建设用地使用权。
构建“引力－推力”机制，通过合理“城乡利益置换”激励农民“离村进城”。解决农民“离村”和“进城”问题的实质，是通过给予农民适当的城市利益，让其放弃农村的利益，即合理的“城乡利益置换”。因此，首先应厘清所置换的主要利益。总的来看，利益置换的核心要素是农村的集体经济组织成员权、土地承包经营权、宅基地使用权，以及城市的住房、适当的城市社保补偿、子女就学等，当然非经济因素也是需要合理解决的。即以城市稳定就业为前提，通过在城市给予农民适当的居住条件、养老、医疗的社保补偿激励、解决子女就学等，形成吸引农民进城的“引力”；同时，附加必要的“推力”条件，要求农民在获得相应城市利益的同时，以放弃农民身份、退出集体经济组织、放弃土地财产权益、退出宅基地等为条件，形成让农民感觉“利大于弊”的合理利益置换，由农民自主判断、自愿选择放弃农村利益进入城市。
农民进城是一个长期过程，我国农民市民化应按“分类管理、分阶段推进”的渐进性原则，中近期（10~20年内），主要发挥“引力”作用，给予充分城市利益，吸引农民进城，同时，适当要求其放弃部分农村利益（比如土地承包经营权），考虑我国特有的故土难舍和叶落归根的乡土情结，对宅基地可先于保留；中远期（10~20年后），农民在城市稳定生活后，应重点发挥“推力”作用，鼓励放弃仍在农村享有的利益，特别是，经过一代人时间，故土观念将逐渐淡化，重点推进宅基地退出，通过建立全国统一的土地、房产市场，征收房产税（随时间增加税率），逐步提升其农村住房持有成本，或者进行农村集中立体化居住改造等方式，促使进城农民放弃宅基地。
必须始终尊重农民意愿，并加强对城市吸纳农民进城的激励约束。以农民意愿为依归，为有能力在城镇长期就业的农民创造有尊严的生活条件；同时，通过适度规模经营发展现代农业，给难以或不愿转业的农民，有选择继续务农并获得稳定收入的机会。尽快落实2010年《全国主体功能区规划》中“人地挂钩”政策落地，并将城市吸纳农民工定居的数量和为其提供的公共服务质量，作为城市建设考核的核心指标之一。
完善我国城市土地管理和利用体制
政府退出经营性用地供给，以集体土地直接入市建立城乡统一的土地市场。建立统一的土地市场，实现城乡土地产权的对等和城乡土地市场的对接。在符合土地规划、用途管制、占补平衡等前提下，充分发挥市场对土地配置的决定性作用，经营性用地由耕地所有权主体农民集体经济组织与开发商直接谈判交易；公益性用地由农民集体经济组织与政府直接谈判以市场价格为基础进行补偿，政府不再参与土地收益直接分配，主要通过土地增值税、农地发展权等间接分享收益。政府对土地市场调控不再采取具体行政审批形式，通过税收、规划等经济、法律手段实施。
坚持发展集中型城市，提高城市土地利用效率。相较于小城市，大城市更有利于集约和节约使用土地、保护耕地。我国在新型城镇化过程中，要注意发挥城市群、都市圈引领作用，防止小城镇遍地开花，造成新的土地浪费。
改革健全耕地产权制度
实现城乡一体化、建立全国统一市场，在土地领域其前提必须是在城乡地权平等的基础上明晰产权。此外，促进村民自治组织和农村集体经济组织“社、经分离”，是进一步推进耕地市场化配置的重要条件。
坚持集体方向，明确耕地产权主体，准确界定乡、村、组三级保护责任。根据民法“一物一权”原则，废除乡、村、小组“三级所有”的产权体制，明确耕地产权为唯一的确定范围内的农民集体。应把村农民集体确定为所有权主体的常态主体，同时保留农民集体作为一种补充。让乡镇政府专门履行国家赋予其的耕地管理和保护职责，避免其直接参与和干预土地市场。
完善集体经济组织成员权，明晰农民对耕地所有权的财产权利。要实现每一集体成员对集体耕地所有权的具体权利，从物权法定来讲，就必须明确集体土地成员权。可定义集体经济组织成员权为，集体经济组织成员依照法律和章程的规定对集体经济组织享有的利益和承担的义务，并以法律形式把集体耕地所有权的成员全体依法按照平等民主、多数决议的原则，对集体耕地、福利设施、公有设施使用、获得集体福利资助等财产，占有、使用、收益、处分权利明确规定下来。这样不论土地承包经营权是否存在、流转，均不影响其身份的得失，其仍可依据其身份享有对集体经济组织包括耕地在内的所有利益的分享权，解决了放弃承包经营权等同于放弃土地所有权相关权利问题。
以成员权区分村民权，“经归经、社归社”，重构农村社会和经济管理结构。从法律和制度层面对成员权和村民权的关系作出更为清晰的规定，明确村委会承担社区公共服务功能，依法代理国家做好农民的社会保障、基础性公共服务等，剥离其在农村集体资产经营管理方面的功能，使之成为单纯的村民自治组织，其所需经费由公共财政和集体经济收益支付；村集体资产经营管理职能则由村集体经济组织全权负责，引导集体经济组织建立科学、规范、民主的实体组织，发展壮大农村集体经济组织，为农业现代化、耕地保护提供强大的基层组织保障。
赋予完整处分权，完善耕地承包权，增强自主经营促进耕地流转和规模经营。从法律上尽快打破耕地承包经营权主要局限于本集体经济组织的成员的规定，给予农民完整的土地承包经营权。同时，从法律上明确流转的权利为在土地承包经营权本身（不超过原承包期限），即仍为用益物权，而非经营权。确立耕地承包经营权的有限继承权，在承包期内即使户内人口减少，应保持承包稳定。如果为原承包权，则应为本集体经济组织成员；流转后的承包经营权，则必须是农业经营者。
推动耕地全面登记、确权和信息公示，促进耕地保护政策刚性落实。建立城乡统一的土地登记制度，这不仅有利于保护农民利益，也能实现国家对土地用途的管制。加快推进农村集体土地所有权、土地承包经营权的确权登记，“明晰产权”、“勘界发证”。实施耕地信息全面动态公开，维护交易安全，便利公众监督。
建立耕地保护外部性补偿机制
改变过去层层分解下达行政命令的保护方式，在强调耕地保护责任的同时，明确其享有的与保护责任相对等的权利，统筹考虑各方利益诉求，采取能够激发其主动性的激励措施，引导其通过保护耕地实现自身利益。
将外部性纳入耕地保护的整体框架，以经济激励调动保护积极性。基于“保护者得补偿，受益者付费”的原则，将耕地保护的外部效益纳入耕地非农化成本核算体系，纳入到耕地利用和保护主体收益之中，显化耕地利用和保护的生态社会效益，运用耕地保持权奖励和耕地发展权购买等政策手段实行耕地保护外部性的内部化，构建耕地保护经济补偿机制，抑制耕地非农化趋势，激励耕地生态社会效益这种“公共物品”的足额提供。
周密开展耕地分等定级工作，明确界定耕地保护区类型。可参照国土资源主体功能区划分，将耕地划分为永久保护区、规划期内保护区、动态平衡保护区等三种保护类型，明确各类型保护区的责任和保护期限。当前，可以先行将优质粮食主产区、核心区划定为永久保护区，探索以利益补偿为核心的平衡发展机制，促进人口向保护区外转移，严格限制、禁止保护区进行工业开发和大规模城市化。
创设耕地保持权补贴，激励引导保持耕地用途不变。在不同保护类型的基础上，对处于保护期的耕地，应用耕地保持权予以补偿。当前，政府应对耕地保持权的补贴应主要表现在为耕地保护区提供道路、教育、医疗卫生等基本公共服务和农田水利基础设施的建设，确保耕地保护区居民保持一定的生活水平，能够安心种粮。当新型城镇化达到较高水平后，在稳定增加耕地保护区公共服务、基础设施投入的同时，通过采用耕地保持权换养老金等方式，对农民进行补贴。
创设耕地发展权购买，以利益平衡为基础构建区域耕地占补平衡机制。综合考虑耕地资源禀赋和经济发展水平差异，对耕地保护区各级地方政府试行耕地保护资金的财政转移直补，经济发达地区用市场化手段购买耕地保护地区的“耕地发展权”，对耕地保护重点区进行补偿，实现“宜农则农、宜城则城”，促进土地资源的优化配置，减少或消除地方政府违法占地冲动。
把土地当量作为评价依据，构建区域互动的占补平衡制度。建立以城市土地使用效率和耕地产出为核心的综合指标体系，把各类具有不同粮食生产能力的耕地基于某一产出标准折算为标准“当量”，以对不同位置、自然条件和生产能力的土地进行统一计量、核算、评估和交易，从保证耕地数量转向保证以产量加权的土地当量。以此为基础，构建区域性土地“当量”交易市场，同一功能区内各省市区县可以确定计划年份各年增减的土地“当量”，由各省级行政区汇总审核，完成初始定价后可以进行区域间以购买耕地发展权的方式进行市场交易。
完善地方政府、农民集体和农户耕地保护的权利和责任体系。通过行政与利益驱动双管齐下，对地方政府实施差异化考核标准，对耕地保护重点地区主要考核耕地保护效果。将农户和农村集体经济组织纳入耕地保护主体范围，通过耕地保持权、发展权让农民分享耕地用途转变后的增值收益，激励农民监督政府、用地单位违法占地；对农村集体组织保护耕地的行为通过耕地保持权予以激励，通过耕地发展权让其分享耕地用途转变后的增值收益。
推动耕地适度规模经营
坚持农地农用，建立全国统一的耕地承包经营权流转市场。首先，加快完善农村社会保障制度，消除农民对耕地流转的后顾之忧。其次，坚持严格的耕地用途管制，完善中介服务机构，建立耕地使用权评估、交易、登记、信息公示等市场体系。制定专门的土地承包经营权流转法律法规，对土地承包经营权流转进行专门规范；初期可以设定审批程序，限定流转标的、流转范围等，待机制成熟时，再逐步放开管理，并最终实现市场化运作。
坚持家庭经营，以专业化、职业化促进农业经营主体升级。加强新型专业农户的培养，促进传统农民向专业化、职业化农民、农业工人、组织等新型经营主体转变。加快农村粮食等各种种植专业户人力资源的投资开发，首先，充分提升现有农业劳动力潜在生产能力，使他们成为农业的主力军；其次，建立农业从业人员与生产组织准入制度，使耕地由“想种田、会种田”的主体经营。
坚持适度规模、因地制宜地推动农业耕作现代化。大力支持家庭经营发展，支持专业大户、家庭农场、农民专业合作社、村镇集体经济等规模经营主体的发展。坚持土地适度规模和农业适度规模相结合，实现生产要素合理配置。通过发展各类为农业产前、产中、产后服务的新兴行业和专业机构，实现农业服务的规模化经营。此外，要大力提高农业生产的科学技术含量。
