面对日本的情报战，国民政府针锋相对，加强了对日本的情报搜集工作，并进行了一些锄奸、情报活动。国民政府设立侦察日本飞机的防空情报网，建立专门破译日本电报的机构，破译了日本轰炸英国军舰、突袭珍珠港、日本海军大将山本五十六出巡等绝密情报。还与苏联、美国等国家合作，进行情报搜集与交流。

国民政府设立防空情报网，侦察日本飞机情报

1931年“九一八事变”后，国民政府开始着手建立防空情报网。1935年11月，中央航校防空总台建立，并且在杭州湾外花鸟山建立了防空监视分台，次年改组为航空委员会防空总台，设于南京小营，杭州改为分台，同时增设东南沿海及滁州、徐州、海州、温州分台，并举办防空训练班，培养航空情报人员。国民党在战前建立的防空情报网，在淞沪会战中开始显露佳绩。1937年“八一三事变”的第二天，日本飞机18架袭击上海，当日机升空后，设于温州及花鸟山的防空情报网即发现了日机的行踪，中国战机立即起飞拦截，击毁日机3架。15日，日机15架轰炸南京，又被中国空军击落6架，击伤1架。武汉会战后，为了保卫西南大后方，国民党又在武汉、重庆等地设立防空情报网，侦察敌机情报，提供防空预报，以减少因日机轰炸而造成的伤亡。

国民政府的特工情报活动主要由“中统”“军统”两大特务组织负责进行

国民政府的特工情报活动主要是由“中统”（中国国民党中央组织部调查统计局）和“军统”（ 国民政府军事委员会调查统计局）两大特务组织负责进行。军统由戴笠负责，内设军事情报处、党政情报处、电讯情报处、警务处、惩戒处、训练和策反处、特种及心理作战处、特种技术研究应用处。武汉会战前夕，遵照蒋介石的指示，戴笠开始在浦口一信阳、郑州一信阳、南阳——许昌等地沿铁路重点市乡及机场附近，建立情报网与电台，两个月内在河南建立了16个情报组与秘密电台。戴笠本人则亲自坐镇芜湖上游长江沿线的特工网。

国民政府还设立专门的机构，负责对日情报密码破译

国民政府在对日情报密码破译方面也取得了不菲的成绩。国民政府特意聘请来自美国的日电破译专家赫伯特·C·亚德利来华传授无线电通讯破译技术。亚德利曾是美国国务院的机要员，在第一次世界大战中，亚德利曾为美国陆军部破译了上万份外国电报。战后，美国国务院和陆军部为他提供了10万美元的经费，让他创立一个专门破译日本密电码和密表体制的秘密机构——“美国黑室”。 他被誉为“美国密码之父”。在他的协助下，军统局有了自己的黑室——军事委员会技术研究室，为国民政府军统培训了数百名破译人员，从而基本掌握日本陆军密码的破译规律，多次破译了日军重大行动的密电，从中截取情报。军统局还与苏联、美国、英国等国情报机构合作，以获得更多的情报来源，为盟军作战提供情报。

军统侦听站监听到日本侦察机要轰炸英国大型军舰，通知英方，英方不相信军统的破译能力，致使英舰被炸沉

1941年12月10日上午10时，军统成都、重庆两个侦听站监听到了日本侦察机与西贡日本空军基地的对话，说新加坡北方百余海里处发现英国的两艘大型兵舰，请求迅速派飞机轰炸。军统知道日本空军一直在寻找威尔斯亲王号，就立刻将这一重要情报通知英国驻华大使柯尔。但柯尔根本不相信军统有这样的破译能力，未能及时通知军舰早作准备。当天下午，威尔斯亲王号和同行的英舰抗拒号被炸沉。第二天柯尔代表英国政府向中国政府致谢时，对情报的迅速与准确表示了很大的惊奇和钦佩。军统还配合美军在太平洋战场的行动，收集太平洋战争后日军占领南洋各地的动态、部署，以及在华调动等战略情报，获取许多重要情报。特别到了战争后期，上海成为日军的主要港口，把各地抢来的物资都往上海集中。军统利用各种手段，或混入码头，或打入内部，基本掌握了日军运什么货，有多少量，到哪里去，何时起航等重要情况。这些情报协助美军飞机在海上进行了卓有成效的狙击，发挥了一定作用。为此，军统的有关部门和人员受到了美国政府和军方的多次感谢和嘉奖。

国民党情报人员破获日本偷袭美国珍珠港密电，由于美国的轻视，致使美军遭到惨重损失

据披露，国民党情报人员甚至还破获了日本偷袭美国珍珠港密电。1941年5月开始，国民党军事技术委员会主任专员池步洲在破译的日本外交密电中，发现日本外务省与檀香山日本总领事馆的往来电报数量突然剧增。电报内容是日本外务省多次要求檀香山日本总领事馆报告：美军舰艇在珍珠港的数量、舰名；停泊的位置；进、出港的时间；珍珠港内美军休息的时间和规律；夏威夷气候情况等。12月，他又截获一份日本特级密电，结合此前译出的军事情报，他推测日本袭击地点可能是珍珠港。不久，国民党方面将此情报告诉了美国方面，但没有引起美方的重视，认为中国方面根本不可能了解日本军方的行动，甚至认为中国在有意离间美日关系。直到12月8日，日本偷袭珍珠港后，才想起中国大使馆曾向他们提出过警告，这才知道消息来自军统的破译机构。由于美国的轻视，“军技室”破译的日军袭击珍珠港的密电没有引起美军的重视，致使日军轰炸珍珠港成功，美军遭到惨重损失。

“军技室”破译日本海军联合舰队司令长官山本五十六大将出巡密电，告知美方，美军击落山本五十六座机

一年后，“军技室”，又破译了日本海军大将、海军联合舰队司令长官山本五十六大将出巡的行动密电。1943年4月，山本五十六准备赴南洋指挥海军作战。行前，为保证出巡安全，日本海军修改了密码本，以免山本的行踪被盟军获悉。但日本外务省却用一本未来得及烧毁的普通密电码本，发了一份无线日文密码电报，说山本定于某年某月乘飞机赴南洋。这份密电当即被“军技室”侦译出来，报告给蒋介石，即刻转知驻渝美方。山本五十六是袭击珍珠港、发动太平洋战争的元凶。美国方面一直在找机会除掉他。罗斯福总统亲自作出决定：“截击山本。”并通报驻爪哇韩德逊机场的美军指挥官马克·米尔其海军少校派出战斗机空中伏击。18日，山本乘坐中型轰炸机，由6架战斗机护航飞往南洋。美军16架P-38式战斗机适时出击，在布干维尔岛上空与日机相遇，美军上尉汤玛士·蓝斐尔立即开炮，准确击中山本座机。几天后，日军找到了座机残骸，发现山本五十六的尸体依然被皮带缚在座椅上，他头部中弹。机上山本等11人全部身亡。

抗战初期国民政府情报部门与苏联国家安全局合作，搜集日本情报

在密电破译方面，国共两党还进行了相互合作。为了帮助国民党尽快找到日军密码和变换密码的规律，中共曾将八路军所获的3种日本陆军双重密码电报本交给了国民党军委会技术研究室，从而掌握了日方密电的规律和特点。

抗战初期，国民政府情报部门还与苏联、美国、英国情报部门进行合作，以获得更多的情报来源，并为盟军对日作战提供情报。1938年5月，出于共同对日的战争之需，国民政府军事委员会与苏联国家安全局经过协商，签订了《中苏情报合作经费负担议定书》，决定成立一个联合情报工作机构。7月15日，中苏情报合作机构——“技术研究所”在汉口市特四区台儿庄路86号正式成立，蒋介石任命军事委员会办公厅主任贺耀祖兼任所长，以国民政府军令部第二厅第三处处长郑介民及苏方的瓦西列夫为副所长。技术研究所成立后，先后在武汉、上海、北平、天津、济南、青岛、宁夏及香港、爪哇地区设立组织，建立情报网系统，搜集日方情报，对我方对敌情的判断及对日作战都具有重要的参考价值。

中美两国联合组建“特种技术合作所”，开展军事情报交流与合作

1943年4月15日，中美两国军事情报机构联合组建的中美特种技术合作所正式成立。自从太平洋战争爆发后，美国就开始考虑与中国合作进行对日军的电讯侦译技术研究，搜集日军在中国与太平洋沿岸及沿中国海岸的陆、海、空军事情报，以及获得这些地区的气象、水文资料等。中国方面则希望与美国进行对日作战的情报交换，并在对日心理战宣传和在敌占区进行破坏活动等方面接受美国的训练，同时希望得到美国提供的先进电讯器材、武器装备、运输工具等。中美特种技术合作协定草案规定：“为中美两国共同对日作战，组织中美特种技术合作所（简称中美所），交换日军海陆空军事情报和搜集中国大陆气象情报，训练游击队，挺进日军后方，协助美军在中国沿海登陆作战，共同迅速歼灭日寇。”协定签订之后，各种特种技术训练班相继成立，应军统要求，美方还提供了大量的武器弹药、特工器材、气象设施、医药设备和车辆，美方人员及武器、器材、源源不断地流入中国。军统特务武装也走向了正规化。中美合作所在情报方面的合作成绩很大。从1944年4月至抗日战争结束，共获得气象情报8万多件。自1944年10月至1945年2月，中美合作所还为美军轰炸驻台湾日军与空袭日本提供了气象服务。在地面情报搜集方面，1944年到抗日战争结束，共向美方提供了4000多件情报，美方交换回报者有14700多件。在破译敌方电讯方面，1944年9月至次年8月，共向美方提供了11万件情报，美方据此击沉日方军舰25艘以上，并在1945年1月7日美军大举空袭日军驻扎的澎湖、琉球海空军基地时，击沉日军战舰83艘，炸毁敌机210架，给日军以毁灭性的打击。除去军事行动外，中美合作所还进行了一些对日心理战、经济战方面的工作。如收听日伪电台广播并用秘密广播进行干扰和反宣传，展开宣传攻势瓦解日军士气，在日伪军中制造恐慌情绪，鼓舞敌后抗日军民斗志；印制汪伪储蓄券假钞偷运到沦陷区，扰乱日伪金融，并大量收购日货与沦陷区物资运回大后方。